-Besin intoleransı ile besin alerjisi karıştırılmamalıdır. Alerji, vücuda giren zararsız olan bir maddeye karşı vücudun başlattığı bir savunma reaksiyonudur. Bir alerji aniden ve ciddi belirtiler ile ortaya çıkar: dudaklarda ve boğazda ödem, ciddi nefes darlığı-nefes alamama, öksürük ve ciltte döküntüler. Reaksiyon, gıda tüketilmesinden kısa bir süre sonra başlar. Gıda alerjisi böylelikle kolayca ayırt edilebilir. Gıda alerjileri tanımlayabilmek için alerji testleri yapılması gerekmektedir. Besin alerjisi seyrek ortaya çıkmasına karşın besin intoleransı sıkça ortaya çıkmaktadır.
Besin intoleransına bağlı gelişen rahatsızlıklar saatler hatta günler sonra ortaya çıkmaktadır ve haftalar boyu sürebilmektedir. YANİ BESİN İNTOLERANSINDA GECİKMELİ VÜCUT REAKSİYONU SÖZ KONUSUDUR. Bu reaksiyon bir besinin sindirilmemesi yada emilmemesi sonucu ortaya çıkar ve kişiden kişiye göre değişir.
Besin intoleransına örnek verecek olursak : laktoz intoleransı, gluten intoleransı, fındık veya maya intoleransı. Gıda intoleransı tanısı konulduğunda problem yaratan gıdadan sakınmak tek etkili tedavidir. Ancak bazı ülkelerde laktoz intoleransı için laktaz enzimi içeren preparatları bulunmaktadır.